یکی از مشکلات پژوهش در مدارس این است که اگر به سبک سنتی عمل شود (یعنی در طول سال هر یک از استادان لااقل یک پژوهش از هر دانش‌آموز بخواهد و برای آن نمره در نظر بگیرد)، دانش‌آموزان با طرح مشکل کمبود وقت و تبدیل « زیادی تکالیف و پیش کشیدن بحث کنکور، لب به شکایت باز می‌کنند و در نهایت هم به اصطلاح معروف به تبدیل «نسخ چاپی به نسخ خطی!» اکتفا می‌کنند. بعد از ورود به دانشگاه ناآشنایی با اصول اولیه پژوهش، برای دانش‌آموز دیروز و دانشجوی امروز دردسرآفرین شده و به تدریج پژوهش به امری بی‌معنا، زاید و مزاحم تبدیل می‌شود.
تنها آموزش خشک و تئوریک روش پژوهش هم دردی را دوا نکرده و نمی‌کند زیرا معمولاً با این درس مهارتی مثل یک درس حفظی برخورد می‌شود؛ در نتیجه در بهترین حالت، دانش‌آموزان تنها دستورالعمل‌هایی را از بر می‌کنند که به هیچ وجه از نحوه کاربرد آنها اطلاعی ندارند. مثل کسی که فرمولهای ریاضی را حفظ کرده ولی از حل ساده‌ترین مسائل ناتوان است یا همانند فردی که شنا کردن را در کلاس درس و روی کاغذ آموخته است نه در استخر و میان آب.
از طرف دیگر کتابخانه مدرسه (اگر وجود داشته باشد یا منابع کافی در آن یافت شود) نیز معمولاً حالت تعطیل یا نیمه تعطیل دارد و با کمبود مراجعه‌کننده روبه‌رو است. دانش‌آموز علت و انگیزه چندانی برای مراجعه به کتابخانه نمی‌یابد و به سادگی از خیر کتاب و کتابخوانی میگذرد و سعی می‌کند برای کنکور آماده شود.
